Modificar un datepicker:
Los desplegables de fechas en las interfaces se consiguen añadiendo la clase datepicker al input correspondiente. Esto es muy práctico, pero hay ocasiones en las que queremos modificar esa fecha vía javascripts. En ese caso nos encontraremos con que el cambio de fecha se deshace.
La forma correcta de modificar el valor de un datepicker es mediante javascript:
$("#identificador").val('01-01-2016').datepicker('update');
Siendo 'identificador' el id del input.