mromero se desactivan todos los que dependen de facturacion_base, ya que sin él, no pueden funcionar.
El problema que tenías es que los plugins no estaban activados en el orden correcto, y no se cumplían las prioridades de uso de los archivos. Por si acaso te recomiendo leer esto:
https://www.facturascripts.com/comm3/index.php?page=community_item&id=6368 donde he agrupado los posibles errores que podáis llegar a tener, y no son errores por la programación en si, y una leve diferencia en el cálculo al usar toda la precisión de decimales, que puede que indique que documentos viejos no cuadran, y realmente no es algo de que preocuparse.