No está encontrando el fichero que has subido. Tienes que utilizar el nombre temporal que se le asigna tras la subida, para ello accedes mediante $_FILES['file']['tmp_name']; (en vez de 'file' el nombre que le hayas dado en el formulario). Con ese nombre lo mueves donde quieras con move_uploaded_file().
$tmp_name = $_FILES["file"]["tmp_name"];
$name = $_FILES["file"]["name"];
move_uploaded_file($tmp_name, "$uploads_dir/$name");