si, tal y como pone en la pagina de informes de contabilidad:
"... Algunos se generan en tiempo real, pero los que están tachados se generan vía cron. "
si lo quieres hacer manualmente, tendrás que ejecutar el http://sitiodetufacturascripts/cron.php
Sino en el siguiente enlace hay varias explicaciones de como hacerlo:
Configurar CRON
Saludos!