Hacen falta algunos detalles más para poderte ayudar:
Has modificado directamente los modelos originales o los has extendido?
Cuando el albarán se aprueba en factura, se usa esto:
fbase_facturar_albaran_cliente
fbase_facturar_albaran_proveedor
Si has extendido el modelo, puede que no se esté llamando a tu modelo personalizado.
Si no lo has hecho, es posible que simplemente en estos métodos te hayas olvidado asignar los valores que has añadido para que se traspasen de una tabla a otra, y esto lleve a tu conclusión de "estos valores no se asignan o se pierden".
Si necesitas más ayuda al respecto, te recomiendo que hagas un fork en github y que subas en tu fork los cambios para que podamos ver que haces y como lo haces.
A mi me parece que por lo que describes, te has dejado de modificar fbase_controller.php, pero como dije antes, los detalles que das, me parecen insuficientes, y sin poder ver que has hecho, es muy difícil poder guiarte correctamente.