Hola,
En la versión actual debes editar el archivo plugins/facturacion_base/view/ventas_facturas.html, y en su línea 408 cambiar:
{$fsc->show_precio($value->total, $value->coddivisa)}
Por esto otro:
{$fsc->show_precio($value->neto, $value->coddivisa)}
En FacturaScripts 2018 ya tenemos un botón opciones en todos los listados para poder editar las columnas a mostrar.