Hola, pueden estar dentro del view/js de cada plugin, se referencia con
{FS_PATH}/plugins/TU_PLUGIN/view/js/mi_super_javascript.js
También puedes incluirlos utilizando la función fs_extensions en el controller, puedes revisar la documentación al respecto o ver el código fuente de un plugin para que veas como se carga un javascript en específico.
Saludos
JN