Tener los principales modelos en model/core nos sirve para que vosotros podáis simplemente crear un modelo cliente, que herede de cliente y cambiar una o varias funciones concretas.
Imagina que quieres añadir una comprobación de cifnif en clientes. No hace falta copiar el modelo cliente entero a tu plugin y luego tener que sincronizar a mano los cambios que hagamos. No, en tu plugin simplemente copias el modelo cliente de model (no de core) y reimplementas la función save() para hacer esa comprobación de model.