Hola, falta mucha información en tu mensaje, como las versiones de las aplicaciones, del sistema operativo... etc. Además, supongo que se trata más de una cuestión a preguntar en los forums de mariadb que en los de facturascripts.
Siempre he podido migrar de mysql a mariadb sin mayor complicación, aquí tienes qué comandos ejecutar en las distribuciones más comunes de linux:
https://downloads.mariadb.org/mariadb/repositories/#mirror=tedeco&distro=Debian&distro_release=trusty
Supongo que tendrás copias de seguridad, etc. de esas bases de datos, no?