Buenas quería saber que debo cambiar para que la...

Bueno, esa secuencia es para mantener la compatibilidad con eneboo/abanq. 0001 es el código del ejercicio, 0A es el código de la serie y 000001 es el número del albarán. Así tenemos un código único para cada albarán/factura, en lugar de repetirlos para cada ejercicio.

¿Necesitas cambiarlo?

Si necesito que solo aparezca solo la secuencia de los albaran sin periodo ni serie

Si solamente necesitas que se muestre el número en lugar del código, se puede hacer fácil con un plugin.

Para hacer un plugin, crea una carpeta en el directorio plugins, dentro de esa carpeta, crea las carpetas: model, controller y view.

Ahora copia a la carpeta plugins/tu_lugin/controller los archivos:
* controller/general_albaranes_cli.php
* controller/general_albaranes_prov.php
* controller/contabilidad_facturas_cli.php
* controller/contabilidad_facturas_prov.php

En la carpeta plugins/tu_lugin/view copia los archivos:
* view/general_albaranes_cli.html
* view/general_albaranes_prov.html
* view/contabilidad_facturas_cli.html
* view/contabilidad_facturas_prov.html

Ahora puedes editar estos archivos de tu carpeta plugins/tu_lugin/view y poner {$value->numero} dónde pone {$value->codigo}. Así mostrarán el número en lugar del código.

Los plugins son una forma sencilla de cambiar el funcionamiento de FacturaScripts ;-)

Dónde pone plugins/tu_lugin/view quería decir plugins/tu_plugin/view.

Aquí tienes un tutorial: