Lo mas probable es que no le indicases el password de la base de datos, al configurar FacturaScripts. Verifícalo en el fichero config.php de tu instalación de FacturaScripts. Editas ese archivo y lo añades. Lo verán en las primeras lineas:
define('FS_DB_TYPE', 'MYSQL'); /// MYSQL o POSTGRESQL
define('FS_DB_HOST', 'localhost');
define('FS_DB_PORT', '3306'); /// MYSQL -> 3306, POSTGRESQL -> 5432
define('FS_DB_NAME', 'tu_base_de_datos');
define('FS_DB_USER', 'tu_usuario'); /// MYSQL -> root, POSTGRESQL -> postgres
define('FS_DB_PASS', 'tu_password');
Slds.