Es bien sencillo, debes definir las cuentas especiales para VENTA e IMPUESTOS en Factura Scripts, de esta forma FS sabe donde debe realizar los asientos correspondientes a los antes mencionados.
Te puedes ir a Contabilidad -> Cuentas -> Cuentas Especiales, esto para ver todas las cuentas especiales que posee FS ( No puedes asignar las cuentas desde aqui, solo verlas).
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Para asignarlas te vas a Contabilidad -> Cuentas .... elijes una cuenta y asignas la cuenta contable:
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Saludos.